團的傷勢總算穩定下來，醫務官關照安奴給團拍x光片，安排手術，團都聽在了耳里。
索加和古橋在戰斗地點巡邏時發現怪獸的尸體不見了，只剩下被賽文砍下的一臂一腿在地上。
兩人正狐疑，通訊器傳來防衛軍基地遭受攻擊的消息，戈斯星人向防衛軍發起攻擊，基地嚴重受創，倉田要求駕駛奧特飛鷹出擊迎戰，桐山阻止了他，頂蓋一旦打開，整個基地就全暴露了，倉田只能耐著性子。
古橋和索加兩人連忙趕回支援，激戰中敵人的飛船中彈了，但是飛船逃逸至熊岳山附近就消失了。兩人回到基地匯報時，安奴跑進來說，團不見了。
倉田冷笑著奚落道，“這一次逃走了，這家伙是奧特警備隊的恥辱。”
索加反駁道：“不是，團不是那種人！”
“他沒有逃？為什么隱蔽起來了？難道他是害怕這種工作嗎？”
“你……你不了解他！”
“我還不想了解沒用的家伙呢！”戈斯星人向人類發出通牒，他們利用天成向地球防衛軍提出要求：要人類讓出地球，全體人類移居到火星的地下城市。否則將用地下導彈攻擊各大城市。
人類的天空和陸地防守雖然都很嚴密，但地下的防守卻是空白。
倉田隊長首先反對，隊員們也紛紛附和，“在地下屈辱地生活還不如死了的好”。
山岡長官帶著真波和竹中兩位參謀來了，開始研究對策以求拖延時間，并命令奧特警備隊盡快找出戈斯星人的基地。
小池家的姐弟倆在路邊發現了昏昏沉沉的團，他正在獵犬號里休息。
團是宇宙人，一旦照x光，身份就會暴露，所以他趁人不注意，離開了基地。
姐弟倆請團到他們家去，團躺在男孩的床上，男孩告訴團，他長大了也要參加奧特警備隊。
團聽到男孩的姐姐在樓下打電話請大夫，他借口害怕打針不愿看醫生，于是男孩把他帶到他和小伙伴們的秘密基地。
在那團從收音機里聽到戈斯星人發起進攻的消息，心急如焚。
他想去戰斗，可是男孩攔住了他，“不行，你這樣的身體……”男孩告訴他哪里也不要去，就跑了出去。
戈斯星人襲擊了世界其他大城市，那些城市在頃刻間灰飛煙滅。
戈斯星人發出最后通牒，如果30分內再不做出回答，下一個目標將是東京。
30分鐘，就連開對策會議也來不及啊！京城市民紛紛開始逃難。經過古橋、索加和倉田的仔細搜索，發現戈斯星人利用熊岳山的火山口作為基地的出入口，在地下建造了龐大的基地。
討論決定將地下戰車設定成自動操作，裝滿炸藥攻入戈斯星人的基地將它引爆。
可是天成怎么辦？索加要求獨自去救天成，倉田阻止了他。
為了地球，為了人類，只能犧牲天成隊員。
通過通訊器了解到一切的團再也按耐不住，他必須去戰斗。
團跑出房間舉起奧特眼鏡，又看見賽文站在面前阻止他，“住手，住手賽文奧特曼，這次真的會死的！”這時身后一道車燈射來，團忙收起眼鏡，原來是安奴。
“一個叫秋夫的孩子告訴我你在這兒，為什么要逃跑，團，回答我。”
“安奴，我不是人類，是從m78星云來的賽文奧特曼……你很吃驚吧？”
“嗯，人類也好，宇宙人也好，團就是團，是不會改變的。即使你是賽文奧特曼。”
“謝謝你，安奴。如我所說，我不得不回到m78星云，當西邊的天空，啟明星發光的時候，有一束光將飛向宇宙，那就是我，再見了，安奴！”
基地里，桐山隊長發出命令：“地下戰車，出動！”飛馳的地下戰車載著炸彈沖向敵人了的地下基地,天成隊員危在旦夕。
地面上，聽完了團的敘述，安奴的眼淚止不住地流下，“等等，團，不要去！”
“天成隊員有危險！”團一把推開安奴變身為賽文，向火山飛去。
賽文飛進敵人的地下基地救出天成，地下戰車也幾乎同時趕到，引爆了整個基地。正當隊員們趕到救出天成，被安上了金屬腿臂的怪獸龐敦也破土而出，賽文以疲憊之軀再度迎戰。
安奴向眾人講述了團的真實身份，“其實賽文奧特曼就是我們的團——從m78星云來的和平使者，為保衛地球戰斗。但這是最后的戰斗了，團要回自己的星球去了。”
眾人都震驚不已。
“團！……地球要靠我們自己的手來守衛了！”桐山隊長下令道。
奧特飛鷹1號升空，分成三部分出擊！古橋：“團，快回去，怪獸交給我！”
天成：“團！”
安奴：“團在拼死作戰！”
桐山：“他身體狀況那么不好，為什么不早說？”
倉田：“團，對不起！”索加：“危險！”
賽文和龐敦的戰斗已經接近白熱化。
賽文發出的頭鏢被反而龐敦接住。
龐敦手持頭鏢逼進賽文，緊要關頭倉田隊長向龐敦發起攻擊。
龐敦扔出了頭鏢，但被賽文利用念力把龐敦的頭切斷。
黎明漸漸來臨，賽文踉踉蹌蹌地站起來，飛向了宇宙，化為一道金色的光消失在空中，化作一顆明亮的星星。
隊員們站在空地上望著遙遠的天邊，神情黯然。
天成：“團是死了回去的，如果是那樣殺死團的是我們地球上的人！”
索加：“他拖著受傷的身體，直到最后還在為人類戰斗！殺死團的是我們！他真是個好人！”
古橋：“說什么呀！團能死嗎！團活著從遙遠的宇宙那邊守護著我們的地球，然后還會神采奕奕的回來的！”
漸明的天空下，隊員們似乎看到團正微笑著向他們跑來………
在這個氛圍之下，賽文奧特曼的故事也是落幕了。
新的時代也是要開始了…………
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